Program unggulan bidang pengembangan daerah tertentu adalah sebagai berikut:

1.Pengembangan kawasan beranda Indonesia (PKBI), dalam mewujudkan save villages di perbatasan Indonesia yang mengembangkan kemandirian desa-desa di perbatasan yang maju, sejahtera, dan tercukupi sarana dan prasarana dasarnya, sehingga menjadi kawasan sabuk pengaman bagi NKRI.

2.Pengembangan pulau kecil berdaya (P2KB), dalam mengembangkan dan memberdayakan pulau kecil dan terluar yang memiliki daya ungkit bagi pulau pulau di sekitarnya. Berbasis pada pemanfaatan  sumber daya lokal untuk kesejahteraan masyarakat pulau kecil dan terluar secara berkelanjutan.

3.Pengembangan daerah tangguh bencana (PKTB) dalam meningkatkana kapasitas pemerintah daerah menghadapi bencana, khususnya dalam pengurangan resiko bencana secara mandiri dan berkelanjutan.