Perumusan kebijakan di bidang pengembangan daerah rawan pangan, daerah perbatasan, daerah rawan bencana dan pasca konflik serta daerah pulau kecil dan terluar. Pemberian bimbingan teknis dan supervisi di bidang pengembangan daerah rawan pangan, daerah perbatasan, daerah rawan bencana dan pasca konflik serta daerah pulau kecil dan terluar. Pelaksanaan evaluasi dan pelaporan  di bidang pengembangan daerah rawan pangan, daerah perbatasan, daerah rawan bencana dan pasca konflik serta daerah pulau kecil dan terluar. Pelaksanaan administrasi Direktorat Jenderal Pengembangan Daerah Tertentu dan Pelaksanaan fungsi lain yang diberikan oleh menteri.

Jika memperhatikan sasaran yang menjadi fokus utama pengembangan daerah tertentu adalah: 1.Meningkatkan derajat ketahanan pemerintah daerah dan masyarakat dalam hal menghadapai kerawanan bencana, menghadapi kerawanan pangan, menghadapi kerawanan konflik sosial (bencana sosial). 2.Meningkatkan derajat kesejahteraan masyarakat di daerah tertentu, terutama di daerah kawasan perbatasan dan kawasan pulau kecil, terpencil dan terluar.

Dalam rangka menyukseskan tiga program utama yaitu: Program Membangun dari Pinggiran Memperkuat Daerah dan Desa: Program Kemandirian Ekonomi dan Program Kawasan.

Maka Dalam RPJMN 2015-2019 terdapat arah kebijakan dan prioritas pengembangan daerah tertentu adalah.

Percepatan dan perluasan pengembangan ekonomi wilayah melalui peningkatan dan pengembangan jumlah kapal perintis 75 unit untuk menghubungkan pulau besar dan pulau pulau kecil dan 100 lintas subsidi perintis.Mewujudkan kawasan perbatasan sebagai halaman depan negara yang berdaulat, berdaya saing, dan aman, melalui pengembangan 26 PKSN sebagai pusat pertumbuhan ekonomi kawasan perbatasan negara yang dapat mendorong pengembangan kawasan sekitarnya, terutama 187 lokasi prioritas (lokpri) perbatasan;